HACCP體系的最大優點在于它是一種系統性強、結構嚴謹、理性化、有多項約束、適用性強而效益顯著的以預防為主的質量保證方法。運用恰當，則可以提供更多的安全性和可靠性，并且比大量抽樣檢查的運行費用少得多。

HACCP具有如下優點：

1 在出現問題前就可以采取糾正措施，因而是積極主動的控制

2 通過易于監控的特性來實施控制，可操作性強、迅速。

3 只要需要就能采取及時的糾正措施，迅速進行控制。

4 與依靠化學分析微生物檢驗進行控制相比，費用低廉。

5 由之間參與食品加工和管理的人員控制生產操作。

6 關注關鍵點，使每批產品采取更多的保證措施，使工廠重視工藝改進，降低產品損耗。

7 HACCP能用于潛在危害的預告，通過監測結果的趨向來預告。

8 HACCP涉及到與產品安全性有關的各個層次的職工，作到全員參與。