食品企業(yè)在執(zhí)行HACCP食品安全管理體系系統(tǒng)時(shí)，必須要進(jìn)行HACCP體系的驗(yàn)證，在HACCP驗(yàn)證過(guò)程中，對(duì)于微生物的危害分析，企業(yè)必須利用自己的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行必須的驗(yàn)證，同時(shí)相關(guān)關(guān)鍵控制點(diǎn)的驗(yàn)證也必須借助于微生物檢測(cè)的結(jié)果進(jìn)行分析與評(píng)估。微生物檢測(cè)在HACCP體系運(yùn)行過(guò)程中的應(yīng)用主要有：原輔材料微生物檢測(cè)。HACCP在生產(chǎn)過(guò)程運(yùn)行時(shí)的微生物檢測(cè)，成品出廠微生物檢測(cè)，實(shí)施追溯和召回時(shí)實(shí)施的微生物檢測(cè)。可以微生物檢測(cè)技術(shù)是實(shí)施HACCP食品安全管理體系的一個(gè)有力的、必不可少的工具。體系驗(yàn)證及風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估時(shí)需要利用微生物檢測(cè)技術(shù)，危害程度評(píng)估時(shí)需要利用微生物檢測(cè)技術(shù)，清洗消毒效果驗(yàn)證時(shí)需要利用微生物檢測(cè)技術(shù)。？通過(guò)微生物檢測(cè)的數(shù)據(jù)，可以有效地分析當(dāng)生產(chǎn)不能得到有效控制或預(yù)防措施未能有效降低細(xì)菌水平的時(shí)候，公司能夠識(shí)別危害及危害的根源。從而更好地預(yù)防食品危害的發(fā)生，而單純的最終產(chǎn)品測(cè)試效果就差得多了。例如，對(duì)于生肉和家禽的細(xì)菌含量水平，就沒(méi)有充分的數(shù)據(jù)用來(lái)判斷什么情況是可接受"的。因而，最終產(chǎn)品測(cè)試結(jié)果不能提供有用的數(shù)據(jù)，更不用說(shuō)趨勢(shì)分析，除了能證明當(dāng)時(shí)的細(xì)菌的含量之外，它不能解決、識(shí)別并消除食品污染問(wèn)題。