HACCP體系與ISO9000一樣，要求建立有效的記錄保持程序，以提供HACCP體系符合相關要求和有效運行的證據。所謂記錄是指"闡明所取得的結果或提供所完成活動的證據的文件"。企業應編制形成文件的程序，以確保對記錄進行有效控制。HACCP體系要求的記錄可分為兩大部分，一是SSOP監控記錄；二是HACCP計劃要求的記錄。

    SSOP監控記錄可以用來證明衛生標準操作程序（SSOP）被執行的情況，以及SSOP制定的目標和頻率能否達到GMP的要求。在制定SSOP時，應考慮各項衛生的監測方式、記錄方式，怎樣糾正出現的偏差。對各項衛生操作，都應記錄其操作方式、場所、由誰負責實施等。 記錄的格式應易于使用和遵守，不能過于詳細，也不能過松。

    HACCP計劃要求保持的記錄可提供HACCP計劃制定的是否合理、HACCP計劃是否被有效實施以及HACCP計劃被修改的必要性等方面的證據。它一般包括：危害分析（包括修改）、CCP確定（判斷樹的使用）、關鍵限值的確定（支持性文件）、CCP監控活動（包括設備及其校準）、糾正措施、HACCP體系改進、HACCP工作單、人員培訓（包括資格證書）、HACCP體系驗證（內審、外審）等記錄。

    這里需說明的是，在制定HACCP計劃時所需的支持性文件，作為可追溯性的證據，也應以記錄的形式予以保存。HACCP支持性文件包括用于制定HACCP計劃的信息和資料。如書面的危害分析表、用于進行危害分析和建立關鍵限值的任何信息的記錄。支持文件可以包括：制定抑制細菌性病原體生長的方法時所使用的數據；建立產品安全貨架壽命所使用的數據；以及在確定殺死細菌性病原體加熱強度時所使用的數據。除了數據以外，支持性文件也可以是與有關顧問或其他專家進行咨詢的信件。另外，支持性文件還應包括：HACCP小組的名單和他們的職責；在制定HACCP計劃中采取的預期步驟的概要以及必須先具備的程序等。

    由于各項記錄是判斷HACCP是否在執行的依據或CCP是否受控的證據，因此必須確保記錄產生的嚴肅性、真實性、原始性和完整性。各項記錄必須在現場觀察時記錄，不允許提前記錄或之后補記，更不允許偽造記錄；不允許任意涂改、刪除或竄改；各項記錄必須完整，不允許缺頁、缺項、缺內容。因此，設計記錄表格時，在滿足記錄要求的前提下，應使其具有可操作性，避免繁瑣。

    在記錄保持程序中，要規定對記錄進行評審的間隔。只記錄不評審，就不會發現生產過程中出現的問題，從而達不到持續改進的目的。根據法規要求，對監控記錄、糾正措施記錄和驗證記錄應進行定期評審，前兩種記錄要求在１周內完成，后一種記錄要求在合理的時間內進行，所謂合理的時間是指加工企業應根據企業運轉的情況，以及運轉的穩定性來具體安排對驗證記錄的評審。審核時主要審核是否按規定的方法和次數進行監測，是否符合CL，是否在必要時已采取了糾正措施各種記錄應保持清晰、易于識別和檢索。記錄可以用計算機保存，但應注意資料的完整性以及是否簽名的一致性。對記錄的控制要求采用顏色、編號等方式對記錄進行標識，以易于識別和檢索；安排適宜的環境貯存記錄，防止記錄的損壞或丟失；規定對記錄的防護、保管和借閱的要求；根據產品的特點、法規要求及合同要求確定記錄的保存期，如冷藏水產品為1年；而冷凍水產品或其它貨物穩定的制品一般為２年等；對于需銷毀的記錄，在程序文件中應規定銷毀和處置的方法。"說到必須做到"，按照記錄保持程序的要求進行記錄和控制，是HACCP體系成功運行和持續改進的需要，也是認證和官方驗證的需要。