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1．必須根據有機(天然)食品的類型、特性、運輸季節、距離以及產品保質貯藏的要求選擇不同的運輸工具。
2．用來運輸有機(天然)食品的工具(包括車輛、輪船、飛機等)在裝入有機(天然)食品之前必須清洗干凈，必要時進行滅菌消毒，必須用無污染的材料裝運有機(天然)食品。
3．裝運前必須進行食品質量檢查．在食品、標簽與帳單三者相符合的情況下才能裝運。
4。裝運過程中所用的工具應清潔衛生，不允許含有化學物品。禁止帶入有污染或潛在污染的化學物品。
5．運輸包裝必須符合有機(天然)食品的包裝規定，在運輸包裝的兩端，應有明顯的運輸標志，內容包括：始發站、到達站(港)名稱、品名、數量、重量、體積、收(發)貨單位名稱以及有機(天然)食品標志。
6．不同種類的有機(天然)食品運輸時必須嚴格分開，不允許性質相反和互相串味的食品混裝在一個車(箱)中。
7．填寫有機(天然)食品運輸單據時，要做到字跡清楚、內容準確、項目齊全。
8。有機(天然)食品裝車(船、箱)前，應認真檢查車(船、箱)體狀況。對不清潔、不安全，裝過化學品、危險品或者未按合同所規定提供車(船、箱)的必須及時提交運輸部門進行清潔、消毒或調換，符合要求后才能裝入有機(天然)食品．
9．有機(天然)食品的運輸必須專車專用。尤其是長途運輸的糧食、蔬菜和魚類必須有嚴格的管理措施．在無專車的情況下，必須采用有密閉的包裝容器．容易腐爛的食品[肉、蛋、魚)必須用專用密封冷藏車裝運。運輸有機活禽畜和肉制品的車輛應分開。嚴禁有機食品與化肥、農藥以及化學物品一起運輸。
10．有機乳制品應在低溫或冷藏條件下運輸，嚴禁與任何化學物品或其它有害、有毒、有氣味的物品一起運輸。
